Katedra – Nawa północna
Zwiedzanie katedry rozpoczyna się najczęściej od nawy północnej. Mnogość ołtarzy i obrazów może spowodować lekki zawrót głowy, ale warto obejrzeć je choćby pobieżnie. Przy zachodniej ścianie nawy północnej (na lewo od wejścia) zwraca uwagę grobowiec rodziny Kosów, wykonany ok. 1599 r. przez Willema van den Blockego. Cztery klęczące postaci z alabastru bardziej prezentują się zwiedzającym, niż modlą. Imponująco gęste brody mężczyzn, orle nosy, spadający bucik dziecka i dołek w brodzie pulchnej pani Kosowej – stwarzają iluzję, że ludzie ci żyją, tylko chwilowo zastygli w modlitewnych pozach. Posuwając się wzdłuż nawy północnej, można zobaczyć ołtarz Wszystkich Świętych z obrazem Hermana Hahna Koronacja Marii Panny. Dalej, tuż za bocznymi drzwiami, znajduje się kaplica Chrzcielna – niezwykle piękny przykład zdobnictwa rokokowego, z charakterystycznymi dla tego stylu płynnymi i asymetrycznymi formami ornamentacyjnymi. Na wysokości piątego filara stoi Pieta z 1910 r. Nie jest to wybitne dzieło, jednak warto przyjrzeć się twarzy Matki Bolesnej, która jest surowa, niezbyt piękna, skupiona – tak inna od religijnych rzeźb. Za Pietą i kolejnymi ołtarzami św. Michała Archanioła i św. Antoniego przyciąga uwagę ołtarz Świętego Sakramentu z 1663 r. z obrazem św. Bernarda, ozdobiony misternymi detalami oraz intrygującą rzeźbą świętego męża (po lewej) z bardzo wydatnym brzuchem. Nawa północna łączy się z obejściem w miejscu, gdzie znajduje się bogato złocony i rzeźbiony ołtarz Świętej Trójcy z 1606 r. – dawny ołtarz główny, naprzeciw którego stoją wspaniale rzeźbione renesansowe stalle.
Prezbiterium
Przy ścianie przylegającej do prezbiterium stoi tron opacki z XVIII w. Ambit wypełniają portrety dobroczyńców i opatów klasztoru pędzla Hermana Hahna oraz liczne ołtarze.
Na drugim zakręcie ambitu, przy południowej ścianie znajdują się schodki prowadzące do XV-wiecznej kaplicy Świętego Krzyża, zwanej Opacką. Nietypowym elementem wystroju ścian są lustra. W podziemiach kaplicy spoczywają gdańscy dostojnicy kościelni: opat Adam Trebnic, biskupi: Edward 0’Rourke, Edmund Nowicki, Lech Kaczmarek. Prezbiterium oddziela od nawy głównej barierka, uniemożliwiająca bliższą penetrację. I znów narzuca się ostry kontrast ciemnych renesansowych stalli z 1604 r. i białej glorii z obłoków nad ołtarzem głównym, wkomponowanym w zamknięcie prezbiterium.
Ołtarz główny, powstały w latach 1688-1693, jest prawdopodobnie dziełem Andrzeja Schlutera Młodszego, który wykonał również dekorację kaplicy królewskiej w Gdańsku. Monumentalna, murowana kolumnada otacza pole z XVII-wiecznym obrazem Andrzeja Stecha, przedstawiającym Matkę Boską i św. Bernarda, patrona cystersów.
Nawa południowa
Dalej, przed wejściem do transeptu, stoją dwa zabytkowe, haftowane baldachimy, których nie wolno dotykać. Zachodnią część transeptu wypełniają 14-głosowe organy połączone z głównymi. Centralną część zajmuje czarny, marmurowy grobowiec książąt pomorskich z 1577 r. Jego historia wiąże się z dwukrotną zmianą miejsc, bowiem pierwotnie stał w prezbiterium, po kasacji klasztoru Prusacy przenieśli go do ambitu, zaś po II wojnie światowej ustawiono ołtarz nad grobami książąt. Nawa południowa, niższa i węższa od północnej, wypełniona jest płytami nagrobnymi opatów i protektorów klasztoru.
Organy
Zachodnia część nawy głównej jest zdominowana przez wielkie rokokowe organy posiadające 7876 piszczałek, które były budowane w latach 1763-1788 przez Jana Wulfa z Ornety, a ukończone pod koniec XVIII w. przez organmistrza Fryderyka R. Dalitza. Główne brzmienie instrumentu tworzy 9-głosowy pozytyw wykonany w latach 1966-1967. Według znawców, ma on niższą wartość muzyczną od oryginalnych, jednak nie wpływa to na popularność odbywających się od 1 lipca do 31 sierpnia koncertów Oliwskiego Festiwalu Muzyki Organowej.
Wspaniały instrument najlepiej podziwiać z pewnej odległości. Ciemne miękkie drewno niczym czekoladowa masa spowija błyszczące piszczały. W centrum organowej chmury świeci ciepłymi kolorami witraż, przedstawiający Marię z dzieciątkiem. Wizerunek ten otacza wspaniały rokokowy prospekt organowy, który wykonali rzemieślnicy z warsztatów cysterskich. Zdobi go 25 figur muzykujących aniołów, króla Dawida i św. Cecylii. Za sprawą prostego mechanizmu, podczas gry poruszają się ręce aniołów, a gwiazdy i słońce wirują, tworząc symbol gloryfikacji Marii Panny przez sfery niebieskie. Ów minispektakl ma w sobie coś ze średniowiecznych przedstawień wywołujących żywiołowe reakcje tłumu. Współcześni turyści z podobnym entuzjazmem cieszą się organowym „teatrzykiem cudów”, ściskając najnowocześniejsze aparaty fotograficzne i kamery wideo. Codziennie (oprócz niedziel) o godz. 12.00 zaczynają się darmowe półgodzinne koncerty organowe, z muzyką dawnych mistrzów – Bacha (słynna Toccata z fugą), Schuberta, Gounoda (Ave Maria), Albinoniego, Mendelssohna itp. Na czas recitalu zamykane są drzwi katedry, więc nie można do niej wejść (ważne dla spóźnialskich) ani wyjść.
Muzeum Diecezjalne
Klasztor nie jest obiektem łatwo dostępnym dla turystów i tylko przy okazji zwiedzania ekspozycji muzealnych można obejrzeć krużganki. Muzeum Diecezjalne, będące typowym skarbcem, czynne jest tylko w lipcu i sierpniu (prócz sb. 10.30-17.00, w nd. 15.00-17.00, bilet kosztuje 4 zł). Wejście oznakowane wywieszką „wyłącznie w sezonie” znajduje się na prawo od głównych drzwi katedry. Wśród bogatych zbiorów znalazły się dzieła sztuki liturgicznej z terenu całej diecezji gdańskiej. Do najcenniejszych eksponatów należą: tryptyk Świętej Rodziny z 1520 r., rękopiśmienny kodeks z XV w. oraz relikwiarz w kształcie krzyża. Warto zwrócić uwagę na drewniany stół, na którym podpisywano wiele ważnych traktatów, m.in. pokój oliwski z 1660 r., a także na oryginalną podłogę i boazerię z czasów Zygmunta Wazy.