Kaplica Jedenastu Tysięcy Dziewic
Za Bramą Wysoką znajdują się kolejno kaplice: Jerozolimska, św. Erazma, św. Michała z oryginalnymi kratami, św. Antoniego i kaplica Ferberów (św. Baltazara) z kopią obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej. Za kaplicą Ferberów z monumentalnym epitafium Konstantyna Febera warto zatrzymać się trochę dłużej w miejscu, któremu patronuje Jedenaście Tysięcy Dziewic. Z całego wystroju kaplicy im poświęconej, największe, niesamowite wprost wrażenie wywołuje wyrzeźbiona twarz Chrystusa z grupy Ukrzyżowania, wzbudzająca niepokój swoim realizmem. Legenda głosi, że twórca tej rzeźby (prawdopodobnie pocz. XVII w.) obserwował ludzi umierających i martwych, studiując w naturze moment śmierci. Według innej legendy, okrutny artysta ukrzyżował narzeczonego swej córki i posłużył się nim jako modelem cierpiącego człowieka.
Legenda głosi że kilkanaście wieków temu córka króla Bretanii – Urszula, przeznaczona na żonę pogańskiemu księciu, odmówiła mu swej ręki, gdyż ślubowała Bogu dozgonne dziewictwo. Chcąc zapobiec zemście niedoszłego narzeczonego, udała się statkiem w towarzystwie 11 dziewic na pielgrzymkę do Rzymu. W drodze powrotnej, na Renie, w okolicy Kolonii, pielgrzymka została zaatakowana przez Hunów. Urszula, mając do wyboru małżeństwo z wodzem Hunów lub śmierć, wybrała to drugie, ratując się w ten sposób przed pohańbieniem. Oczywiście, stracono także jej towarzyszki. Istotnie, na przełomie III i IV w. historia odnotowała fakt męczeńskiej śmierci młodych kobiet. Świadczy o tym najlepiej odnaleziona tablica, której niewłaściwe odczytanie (w zapisie XIMV: XI – undecium, M – martyres, V – yirgines, M potraktowano jako rzymskie 1000) spowodowało utrwalenie się legendy o 11 tysiącach dziewic.
Kaplica sw. Jadwigi
Kaplica pod wezwaniem św. Jakuba sąsiaduje z kaplicą św. Jadwigi, przed którą leży wielka płyta nagrobna burmistrza Konrada Leczkowa i Arnolda Hechta – zamordowanych podstępnie przez Krzyżaków w 1411 r. na zamku gdańskim. Warto zwrócić uwagę na fakt, że cała posadzka kościoła NPM jest wyłożona płytami nagrobnymi i, chodząc, nie sposób ominąć wyrytych w kamieniu nazwisk i dat urodzenia ludzi niegdyś tu pochowanych.
Kaplice nawy północnej
Zwiedzanie nawy północnej można zacząć od kaplicy św. Reinholda. Uwagę zwiedzających przyciąga Pieta z 1410 r. pochodzącą z warsztatu Mistrza Gdańskiej Pięknej Madonny. Realizm i subtelne piękno dzieła sprawiają, że przejmuje ono swym autentyzmem. Wyraźne są w nim naturalistyczne tendencje późnego gotyku. Do niedawna w kaplicy znajdowała się mało udana kopia Sądu Ostatecznego Memlinga, usunięto ją, bowiem do bazyliki powróci być może oryginał.
Następne etapy zwiedzania to: kaplica Marii Magdaleny z XVII-wiecznym obrazem Znalezienie Mojżesza przez córkę faraona, kaplica Trójcy Świętej i kaplica św. Anny. W tej ostatniej warto przyjrzeć się dokładnie słynnej Pięknej Madonnie z 1420 r.
W pobliżu bocznej bramy Na Groblę mieści się grobowiec Szymona i Judyty Bahrów wykonany w 1620 r. przez Abrahama van den Blockego. Jest to jedyny w kościele Mariackim nagrobek. Twarz Szymona Bahra, bankiera i dostawcy króla Zygmunta III Wazy, oraz jego żony o silnie zaznaczonych rysach wyrażających napięcie psychiczne, z pewnością oddają podobieństwo, choć są nieco schematyczne. W usytuowanej naprzeciwko kaplicy św. Antoniego znajduje się ołtarz pochodzący z ok. 1510 r. Scenki rodzajowe i detale dekoracyjne kwater tego poliptyku są tak liczne, że przyglądanie się im może zająć dłuższą chwilę, nie będzie to jednak z pewnością czas stracony.
Obok kaplicy Świętego Krzyża stoi 13-metrowy zegar astronomiczny, interesujący choćby ze względu na legendę, jaka jest z nim związana.
Zegar astronomiczny
Mechanizm jest rekonstrukcją dawnego zegara skonstruowanego w latach 1464-1470 w warsztacie toruńskiego mistrza Jana Duringera. Czasomierz ów wskazywał godziny, pory roku, konstelacje i fazy księżyca. Podczas wybijania godzin ukazywały się figurki dwunastu apostołów. Legenda głosi, że pewnego razu, kiedy mistrz Duringer przygotowywał się do wyjazdu do Niemiec, podobno po to, by wybudować drugi taki zegar, zazdrośni gdańszczanie oślepili go, by żadne inne miasto nie mogło się szczycić podobnym cudem techniki. Wkrótce po tym wydarzeniu zegar stanął. Przyprowadzono więc oślepionego mistrza Jana, ale ten, zamiast naprawić mechanizm, popsuł go nieodwracalnie. Następnie zrozpaczony starzec rzucił się z kościelnej galeryjki, przeklinając okrutnych mieszczan.
Wieża
Na lewo od głównego wejścia znajdują się schody wiodące na wieżę kościoła NMP (codz. 9.00-17.00, w nd. 13.00-17.00). Należy jednak lojalnie ostrzec cierpiących na klaustrofobię i kłopoty sercowe, gdyż pierwszy odcinek ciasnych, krętych schodów może stać się na chwilę ciemną spiralą strachu. Po pokonaniu 130 schodów bywa różnie, po 150 niektórzy obiecują sobie, że raz na zawsze rzucą palenie. Można przystanąć w połowie drogi, by stwierdzić, jak interesująco przedstawia się zewnętrzna powierzchnia kościelnych sklepień, przypominająca skamieniałe góry piasku. Na sam szczyt prowadzą obszerne schody wijące się przy ścianie wieży. Po 402 schodku jest się już na szczycie, skąd roztacza się piękny widok na Gdańsk i okolice (warto spojrzeć na ogromną górę fosforanów bielejącą na południowym wschodzie). Osoby niedysponujące sokolim wzrokiem mogą skorzystać z lunet (1 minuta -50 gr). Wkrótce po osiągnięciu celu zmęczenie i zadyszka mijają jak ręką odjął.
Kaplica Królewska
W bezpośrednim sąsiedztwie północnej ściany kościoła Mariackiego znajduje się jedyna barokowa świątynia starówki, wzniesiona wraz z przylegającymi do niej kamieniczkami w latach 1678-1681 przez Jana III Sobieskiego i prymasa Andrzeja Olszewskiego dla katolików z terenu plebanii kościoła Mariackiego.
Walory architektoniczne kaplicy Królewskiej najlepiej ocenić z ulicy Grobla – zarówno w miejscu skrzyżowania z ulicą Szeroką, jak i ze Świętojańską.
Dominującym elementem zewnętrznego wyglądu kaplicy Królewskiej jest zgrabna kopula na ośmiobocznym cylindrze z dwiema krytymi kopułami – latarniami po bokach. Wciśnięta pomiędzy szczytowe kamienice fasada ma charakter pałacowy. Belkowanie i wieńczącą całość balustradę podtrzymują biegnące przez całą wysokość jońskie pilastry. Nad portalem i bocznymi wejściami widnieją wysokie okna w uszatych obramieniach z naczółkami. Nad nimi znajdują się kamienne dekoracje z centralnie umieszczonym herbem Jana III Sobieskiego.